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关于终端提交高斯教程

admin4年前 (2021-12-10)教程140


现对两台linux服务器终端(远程)递交任务方式进行说明:


1 终端SSH软件安装

根据自己的喜好安装适合自己的SSH终端软件(温馨提示:下载软件请到官网下载),本人推荐带有FTP服务的ssh终端软件如:MobaXterm、WindTerm等,或者Putty等


2 地址用户名和密码

2.1 局域网

Gaussian1:地址190.168.1.201  端口22  用户名admin 密码:见电脑机箱



3 常用命令

此教程所使用的终端为MobaXterm软件,打开软件后,点击Session-新建SSH,根据你网络情况输入IP和端口。

3.1 上传gif文件

找到你的文件夹位置如admin/DATA/gaussian,新建你自己文件夹:

[admin@gaussian2 ~]$ pwd  #表示查看当前路径
/home/admin
[admin@gaussian2 ~]$ mkdir XXX   #新建名字为XXX的文件夹
[admin@gaussian2 ~]$ cd XXX      #进入到XXX文件夹
[admin@gaussian2 XXX]$ nohup ./go.sh &    #把你的gif文件上传到这个文件夹,输入命令就后台开始运行当前文件夹下所有gif
注意:注意修改go.sh脚本内部的最后一行的邮箱为你自己邮箱,目前默认是我邮箱,计算完毕之后会发邮件提示你已经计算完毕。


其中go.sh脚本代码如下:

#!/bin/bash
icc=o
nfile=`ls ./*.gjf|wc -l`
for inf in *.gjf
do
((icc++))
echo Running ${inf} .., \($icc of $nfile\)
time g16 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
echo ${inf} has finished
echo
done
# 运行完成之后会发邮件给你,修改自己邮箱,-s '邮件主题' 最前面前述是内容
echo "all gaussian run over" | mail -s 'gaussian2 go over' 12@163.com


3.2 终止计算任务

3.2.1

对于提交任务是如果只有一个gif文件,终端输入top查看高斯进程一般为703.exe,数字可能不同的任务,记住PID数字。

  PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S  %CPU %MEM     TIME+ COMMAND

70703 admin     20   0  121.1g   5.2g   7412 R  6988  4.2 211032:52 l703.exe

终端输入:kill -9 70703

则可以终止提交的任务。


3.2.2

如果提交的任务包含多个任务,比如几十个gif文件,则不能使用上述的方式,需要先终止提交的go.sh的脚本,在终止当前的高斯任务,go.sh脚本PID查找命名“ps aux | grep go.sh“。

[admin@gaussian2 XXX]$ ps aux | grep go.sh
admin     3131  0.0  0.0 112816   988 pts/1    S+   19:31   0:00 grep --color=auto go.sh
admin    70457  0.0  0.0 113300  1520 pts/0    S+   Sep12   0:00 /bin/bash /home/admin/DATA/gaussian/99/energy/go.sh
[admin@gaussian2 XXX]$

上述的70457就是目前go脚本的PID,先终止此任务后,再次使用3.2.1中的方法终止当前高斯任务进程。


3.2.3

还有一种情况,如果你使用的并非sh脚本提交的任务,可能无法找到go.sh的进程,比如你用nohup g16 <1.gjf > 1.out &,这个时候可能l502.exe程序在运行,

可以输入“lsof -p $(pgrep l502.exe)”,查看l502.exe程序在运行产生输出文件的目录,就可以知道谁在计算了。

常见问题


1 权限问题提示不允许等

cd到当前文件夹中,输入命令chmod -R 750 * 



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