Gaussian实用技巧教程(1)：如何在优化结构时固定原子

前言

　　在用Gaussian对分子做结构优化时，若要固定（冻结）某些变量（如原子坐标、键长和键角等），则被称作“限制性优化”，反之为“全优化”。本文讲解其中固定原子坐标的方法，具体有三种。

1. 图形化界面固定原子

　　整个流程如图1所示，具体操作如下：

　　选中要固定的原子——右击面板——Edit（16版为Tools）——Atom Groups

　　新面板下拉Atom Group Class选择Freeze——点击Freeze (Yes)行的“+”号（此时原子被固定）——点击“OK”确认

图1. 图形化界面固定原子的方法

2. 用“-1”固定原子

　　用记事本打开.gjf输入文件，未固定原子坐标的文件如图2左侧所示。若要固定某些原子，只需在特定原子坐标前手动添加“-1”；不需要固定的原子添加“0”（也可以省略不写），如图2右侧文件所示。本方法实际上和方法1等价。

图2. 未固定原子坐标和固定了部分原子坐标的输入文件

3. 用“opt=readopt”固定原子

　　上述两种方法（本质上是同一种方法）需要一个个选定原子，对于大分子来说，有时较为麻烦。而本方法则便捷得多，具体方法是：在指令行“#”后写入“opt=readopt”，在坐标矩阵后添加“notatoms=[要固定的原子]”一行。

图3. 用“opt=readopt”固定原子

　　其中，“notatoms=”后面可以写原子符号（如图中的S），也可以写原子的标签号（如图中的2号原子，4到6号原子），用英文逗号隔开。

　　（教程结束） 作者：花火夜空 https://www.bilibili.com/read/cv17448671?spm_id_from=333.999.0.0 出处：bilibili